南方科技大学筹建，参照的目标是一河之隔的香港科技大学：一所只有十几年历史的大学，已经跻身于世界知名大学百强。除了充足的资金支持以外，这所学校崛起的重要原因，就是其国际化的办学理念和先进的管理方式。朱清时告诉记者：“南方科大的目标定位就是要回答‘钱学森之问’——为什么我们的学校总是培养不出杰出人才？作为国家高等教育综合改革的试验校，南方科大将按照小规模、高水平的发展宗旨，通过充分借鉴世界一流大学的办学模式，创新办学体制机制，力争在一个不长的时期内建设成为一个高质量的研究型大学。”

为什么我们的学校总是培养不出杰出人才？朱清时说：“其实大家心中都明白，中国的大学在过去几十年当中都办成了一个模式，都是行政主导，而不是学术主导。所以，南方科大要做的事情就是按照《国家中长期教育改革和发展规划纲要（２０１０—２０２０）》的要求，在教育部的指导下，把它建成一所纯粹的回归大学本来面目的学校，那就是要学术主导而不是行政主导，由‘教授治校’而不是行政官员治校。”一句话，南方科大将以一系列的招生改革、院系设置、教研模式，打造一个精英化的科研型大学。

主张“学术主导、教授治校”，南方科大的办学理念就是“去行政化”。朱清时认为，要保证南方科大的继任者能够保持创校之初的理念，全力创建世界一流大学，关键是要依法治校而不是依人治校，不是谁的官大谁说了算。他说，自己这三年将努力推动学校建立健全规章制度，通过学校层面制定《南方科技大学章程》，深圳市政府制定《南方科技大学管理暂行办法》，深圳市人大制定《南方科技大学条例》等一系列措施，让南方科大在法律框架下，依法自主办学。