2002年4月12日，朱镕基总理会见出席博鳌论坛首届年会的日本首相小泉纯一郎。
2002年4月21日，日本首相小泉纯一郎再次参拜靖国神社。中方提出严正交涉，并推迟日本防卫厅长官中谷元访华及我海军舰艇编队访日。
2002年4月25日至28日，中共中央政治局候补委员、书记处书记曾庆红访问日本大分县。
2002年5月8日，以全国政协副主席胡启立为名誉团长的中国5000人旅游交流团访日。
2002年5月8日，5名偷渡来华的朝鲜人冲闯日本驻沈阳总领馆。我武警经日方同意后，进入日总领馆将2名非法闯入者带出。日方诬我武警违反国际法并作出强烈反应。我及时公布事实真相予以批驳。22日，我将5名涉案人员遣送第三国。
2002年6月18日，在日方承认中方对本国专属经济区拥有主权权利和管辖权，并依法履行必要程序后，中方批准日方打捞东海沉船。
2002年6月19日，唐家璇外长在泰国出席ACD外长非正式会议期间与日本外相川口顺子举行会晤。
2002年7月30日，唐家璇外长在文莱出席10+3会议期间会见日本外相川口顺子。
2002年9月8日至10日，日本外相川口顺子访华，江泽民主席、钱其琛副总理分别会见。
2002年9月14日，日方结束东海沉船打捞作业。
2002年9月22日，江泽民主席出席纪念中日邦交正常化30周年友好交流大会，并发表重要讲话。日本83名国会议员和各界人士1万3千余人来华参加大会。
2002年9月22日，朱镕基总理在丹麦出席第四届亚欧首脑会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2002年10月27日，江泽民主席在墨西哥出席APEC第十次领导人非正式会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2002年11月4日，朱镕基总理在金边出席10+3领导人会议期间，主持同日本首相小泉纯一郎、韩国总理金硕洙的中日韩领导人会晤。
2002年12月4日、24日和2003年2月28日，唐家璇外长与日本外相川口顺子通电话，就中日关系等交换意见。
2003年1月4日，日本媒体披露日本政府从所谓“民间所有者”手中租借钓鱼岛，中方向日本政府提出严正交涉。
2003年1月14日，日本首相小泉纯一郎再次参拜靖国神社，中方提出严正交涉。
2003年4月6日至8日，日本外相川口顺子访华，温家宝总理、唐家璇国务委员分别会见。
2003年5月18日至20日，日本联合执政的自民党、公明党、保守新党干事长访华，胡锦涛主席、黄菊副总理、唐家璇国务委员分别会见。
2003年5月31日，胡锦涛主席在圣彼得堡出席建城300周年庆典期间会见日本首相小泉纯一郎。
2003年9月，全国人大常委会委员长吴邦国对日本进行正式友好访问。>>
2003年8月4日，黑龙江省齐齐哈尔市发生侵华日军遗弃化学毒剂伤人事件，造成我重大人员伤亡。
2003年8月9日至11日，日本内阁官房长官福田康夫访华。
2003年8月10日至13日，李肇星外长访问日本。
2003年9月1日至4日，日本防卫厅长官石破茂访华。
2003年9月4日至10日，吴邦国委员长对日本进行正式友好访问。
2003年10月7日，温家宝总理在印度尼西亚巴厘岛出席第七次东盟与中日韩(10+3)领导人会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2003年10月20日，胡锦涛主席在泰国曼谷出席第11次亚太经济合作组织领导人非正式会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2004年4月3日至4日，日本外相川口顺子访华。
2004年9月12日，唐家璇国务委员在会见来华出席“2004中国企业峰会”的日本外相川口顺子。
2004年9月20日至25日，日本众议院议长河野洋平率团访华。胡锦涛主席、吴邦国委员长、曾庆红副主席分别会见。
2004年10月9日，李肇星外长在越南河内会见日本外相町村信孝。
2004年10月21日、24日，温家宝总理分别就日本受台风袭击和新泻县地震向日本首相小泉纯一郎致慰问电。
2004年10月25日，中日第一轮东海磋商在北京举行。
2004年10月28日，中国红十字会通过日本红十字会向日本新泻地震灾区提供10万美元的救灾援款。
2004年11月18日，李肇星外长在智利圣地亚哥出席亚太经合组织部长级会议期间会见日本外相町村信孝。
2004年11月22日，胡锦涛主席在智利圣地亚哥会见日本首相小泉纯一郎。
2004年11月30日，温家宝总理在老挝万象出席第八次东盟与中日韩(10+3)领导人会议期间会见日本首相小泉纯一郎。
2004年12月22日，日本政府为李登辉赴日活动发放签证。中方提出严正交涉和强烈抗议。
2005年4月13日至20日，全国人大常委会副委员长路甬祥率全国人大代表团访问日本并出席各国议会联盟“东盟+中日韩三国小组会议”及全国人大和日本众议院合作委员会首次会议。
2005年4月17日至18日，日本外相町村信孝正式访华。
2005年4月，胡锦涛主席出席在印度尼西亚首都雅加达举行的亚非峰会期间与日本首相小泉纯一郎举行会晤，就发展中日关系提出了包括严格遵守《中日联合声明》等三个政治文件在内的5点主张。>>
同时，日本首相小泉在亚非峰会中日领导人会晤和战后60周年的书面声明中，分别重申对日本过去侵略历史表示深刻反省和诚挚道歉。但另一方面，小泉多次参拜供奉有二战甲级战犯的靖国神社，致使中日两国首脑互访机制中断多年，中日关系陷入僵局。
2005年5月7日，李肇星外长在日本京都与日本外相町村信孝和韩国外交通商部长官潘基文举行中日韩三方委员会第三次会议。
2005年5月14日，中日第一次战略对话在北京举行。
2005年5月17日至23日，吴仪副总理赴日本出席爱知世博会中国馆日活动并顺访日本。
2005年5月21日，唐家璇国务委员会见日本自民党干事长武部勤和公明党干事长冬柴铁三一行。
