绿色食品种植过程中首先大力推行无害化技术，优先采用农业措施，推行抗病抗虫品种，轮作倒茬和间作套种及嫁接等耕作制度、肥水管理等栽培制度，提高作物自身健康，减少发生病虫害几率。其次提倡使用生物农药如苏云金杆菌、植物源农药如苦参素、微生物源农药如农用抗生素、矿物源农药如硫制剂，这些农药比较化学农药毒性低，防治针对性强，不会对环境造成污染。第三是可以合理使用化学农药。绿色食品标准中规定严禁使用剧毒、高毒、高残留或具有三致毒性（致癌、致畸、致突变）的农药，可以有限度地使用部分有机合成农药，每种有机合成农药在一种作物的生长期内只允许使用一次。允许使用的要严格按照国家规定的《农药安全使用规定》和《农药合理使用准则》等有关规定和标准，严格控制用药剂量、防治对象、用药方法、施药适期、安全间隔期、注意事项等施用，以确保不会对人体和环境造成危害。