绿色食品禁止使用转基因技术，主要基本两点考虑：第一，转基因食品的潜在安全性问题还没有完全被证实，转基因食品当前测定各项指标是安全的，但还无法证实在长期食用后对食用者的健康安全和对其后代无害。第二，转基因技术如应用不当，对生态环境和生物多样性会产生不利影响，甚至造成毁灭性的破坏和灾难。禁止用转基因技术，并不说明绿色食品排斥其他的新技术、新工艺，且相反，绿色食品提倡技术改进、技术创新。绿色食品本身就是我国优秀传统农艺与现代新技术有机结合的产物。