2004年8月，县城个别基督教徒受他人指使，扰乱基督教堂正常宗教活动，蛊惑不明真相的群众上访，企图排挤教堂长老，占领讲经坛。马学智及时组织有关部门进行调查研究，依法对闹事人员进行了治安处罚，旗帜鲜明地保护了爱国宗教人士，使问题解决在了萌芽状态。 2008年3月14日，西藏拉萨发生打砸抢烧暴力事件后，他立即深入三台喇嘛庙，向宗教人士通报拉萨等地打砸抢烧事件的真相，并召开坚决反对达赖集团破坏祖国统一罪行座谈会，进行形势和爱国主义教育，他组织宗教人士和信教群众认真学习《国务院宗教事务条例》，按照“保护合法，制止非法，抵御渗透，打击犯罪”的方针，了解情况，化解矛盾，掌握了工作主动权，没有引起教民思想波动。

广交、深交朋友，是马学智做好统战工作的“法宝”。一年中，他有三分之二的时间在走访宗教界人士、党外知识分子、台胞台属及归侨侨眷等统一战线各界人士，了解他们的心声、关心他们的生活、帮助解决他们的困难，和他们建立了深厚的感情。

1999年初，老台乡南门村台属崔光平家的22只羊、1头牛突然中毒死亡，使本来生活就很困难的崔光平家雪上加霜。打算向台湾的哥哥求援。马学智了解到这一情况后积极协调资金，在春节前将5000元现金送到了崔光平家里，崔光平一家感动得热泪盈眶，给赠送了一面锦旗。

县新民农机制造厂原先只是三台镇的一个小手工作坊，马学智考虑小型农机具适合新疆农牧区的生产力水平，发展前途大，鼓励厂长王新民不能满足于小打小闹，要开发新产品，扩大生产规模，他推荐王新民当了县政协委员、县工商联副会长。在马学智的鼓励和支持下，2001年，王新民把制造厂搬到了县城。

后来，王新民发明了土豆施肥点播机、土豆收获机等11项专利，研制的小型农机具远销天山南北，年产值达到了500多万元。王新民在接受记者采访时说：“没有马部长帮助，就没有我王新民和新民农机制造厂的今天。” 今年元月份，六户地村老阿訇丁学义的老伴身患脑瘤，马学智上门看望时，得知丁阿訇给老伴看病已花去7万多元，经济上已很困难，马学智联系让住进了县医院，他又给想办法筹集资金4000元，借款2000元，让病人住院治疗，丁阿訇感动地流下了眼泪。三台喇嘛庙是昌吉州唯一的藏传佛教寺庙，每年登门看望喇嘛已成了马学智的习惯。

1997年冬天在看望喇嘛途中，因山路崎岖雪滑难行，212吉普车失控他受了伤，但这并没有动摇他每年看望喇嘛的决心，2002年10月，一位年近九旬德高望重的老喇嘛病危。听到消息后，马学智立即驱车到偏僻山区看望。看到部长来了，临终的老喇嘛在床上一句话也说不出，比划着让儿子拿来一条洁白的哈达，用颤抖的双手将哈达献给了令他尊敬的县委统战部部长。

事隔多年，马学智一回忆起这段往事，还会禁不住流泪。他告诉记者：“真心换真情，这些爱国宗教人士，你把他们当朋友，他们就会把你当亲人；你付出得多，得到的感动就多。近年来，每年“七一”建党节,少数民族过年他都要带领政协机关和统战部的党员干部到民族村过组织生活和慰问贫困户，通过座谈了解，他帮助芦草嘴子、哈家湾、东台子等民族村办了许多实事、好事。2008年争取项目资金，为乌孜别克族聚居的东台子村修了公路、文化室，还改造12户村民危房，2009年他又积极争取项目资金准备为这个村铺沥青路面，修养殖小区，发展畜牧养殖业生产，受到了当地群众的一致称赞。工作中也发生过值得总结的经验和教训。大有乡广泉回族清真寺有信教群众近千人。