2003年2月27日，三峡库区三、四期移民搬迁工作全面启动。
2003年4月11日，三峡工程临时船闸停止通航运行，长江三峡水域拟实行为期67天的断航，至6月16日恢复通航。与此同时，翻坝转运工作全面启动。
2003年4月16日，三峡三期碾压混凝土围堰全线到顶，比合同工期提前55天达到140米设计高程。
2003年4月22日，三峡工程左岸临时船闸改建冲沙闸工程开工。
2003年4月27日，三峡工程二期移民工程通过国家验收。这标志着三峡移民工作取得重大阶段性成果，三峡库区135米水位线下移民迁建及库底清理工作已全面完成，达到三峡工程按期蓄水的要求。
2003年5月21日，国务院长江三峡二期工程验收委员会枢纽工程验收组正式宣布，三峡二期工程达到蓄水135米水位和船舶试通航要求。同意三峡工程6月1日下闸蓄水，并可以在2003年6月份实施永久船闸试通航。至此，中国建成世界上水位落差最大的船闸。
2003年5月30日，三峡工程依次开启位于泄洪坝段的20、21、22、23号4个泄洪深孔，这是三峡工程泄洪孔建成后首次开启。
2003年6月1日零时，三峡大坝中的闸门按计划准时启动，三峡工程正式下闸蓄水。三峡工程船闸全长6.4公里，其中船闸主体部分1.
6公里，引航道4.8公里。三峡船闸系双线5级梯级船闸，其工程规模居世界之最。
2003年6月16日，三峡船闸开始试通航。
2003年6月24日，三峡首批发电的2号机组成功进行并网发电试验。
2003年7月1日上午9时58分，三峡工程第一台发电机组--2号机组开始进行72小时并网试运行。4日5时52分，2号机组发生运行故障，机组随即跳闸停机。在故障原因查明后，2号机组于5日11时16分重新启动，开始新一轮72小时并网试运行。
2003年7月10日1时31分，长江三峡工程第一台发电机组--装机容量70万千瓦的2号机组提前20天实现并网发电。
2003年8月18日9时32分，三峡工程第3台投产的发电机组--3号机组正式并网发电。
2003年10月，国务院总理、国务院三峡建设委员会主任温家宝赴三峡库区和三峡枢纽工程建设工地考察。
2003年11月22日，长江三峡工程第1号机组正式并网发电并投入商业运行。至此，三峡工程首批发电的6台机组全部投产。三峡工程已经创造出一年内装机420万千瓦、连续投产6台70万千瓦的水电安装和投产世界纪录。
2004年1月9日，
新华社报道，三峡工程从2004年起进入三期工程。三峡三期工程至2009年历时6年，期间将完成右岸大坝和右岸电站建设，修建世界上最大的升船机，有20台单机70万千瓦的机组投产。
2004年4月，三峡工程三期移民搬建工作已全面展开。三峡工程竣工后，三峡库区将搬迁移民113万人，其中重庆103万人。根据规划，重庆市三期动迁移民32.44万人，迁建工矿企业304户，复建各类房屋942万平方米。三期移民工作预计将于2006年上半年完成。
2004年4月30日，长江三峡工程左岸电站7号发电机组正式并网发电。至此，三峡工程已有8台70万千瓦大型机组投产，日发电量达1.15亿度。
2004年4月，全国人大委员长吴邦国视察三峡工地。
2004年6月8日，新华社报道，全国对口支援三峡库区工作实施战略转移。今后对口支援工作重点将围绕国家扶持库区发展的四大产业进行，在支援上逐步实现从输血型向造血型、从扶贫型向开发型、从政府主导型向市场行为型、从单方受益型向互惠互利型转变。
2004年7月6日，新华社报道，投入40亿元的三峡库区二期地质灾害治理工程已基本完成。此项工程已经发挥出三大效益：一是基本消除受135米水位影响的崩滑体灾害；二是基本消除了受135米水位影响塌岸灾害；三是消除了大量危及移民迁(复)建工程、城镇、港口码头、公路等的地质灾害。
2004年7月8日，国务院长江三峡二期工程船闸通航验收委员会在三峡工地宣布，三峡船闸已经通过正式通航验收，由试通航转为正式通航。
2004年7月26日，三峡工程第9台投产机组--三峡左岸电站11号发电机组正式并网发电。11号机组发电机转子最大直径为18.74米，高3.42米，重量为1779吨，加上发电机定子和水轮机的重量，机组总重量在4900吨左右，是当今世界已投产的水轮发电机组中重量最重的机组。
2004年8月24日，三峡工程左岸电站8号机组于正式并网发电。至此，三峡工程已有10台机组投产发电，投产总装机容量达700万千瓦，实际装机容量已位居世界发电厂第3位，发电能力位居全国第一。三峡工程已经提前完成今年的机组投产计划。
2004年8月26日，重庆奉节县的882名移民踏上赴江西的外迁之路，标志着三峡库区出省市外迁移民工作全部结束。至此，三峡库区已经外迁移民16.5万人。